生物医学工程
-
李倩
特任教授，博士生导师
李倩，中国科学技术大学特任教授，博士生导师，2025年入选国家级高层次青年人才项目（海外）。主要利用单细胞组学、类器官模型与人工智能等前沿技术开展发育生物学研究，以唯一作者、共同通讯作者及共同第一作者在 Cell Stem Cell、Genome Biology、PNAS等国际期刊发表论文16篇。课题组致力于解析复杂器官发育的细胞与分子基础，重点关注：（1）胎盘发育、进化及妊娠相关疾病；（2）解析胎盘在大脑发育中的作用，探索“胎盘-大脑轴”在人类神经发育机制及疾病发生中的生物学基础；（3）人工智能驱动的器官发育建模，旨在解析发育规律并挖掘关键调控机制。课题组坚持生物学与人工智能深度交叉，欢迎具有生物学、医学、计算机、人工智能、数学等背景，对发育生物学和计算生物学研究感兴趣的博士后、硕士和博士研究生、科研助理及青年科研人员加入，共同开展原创性研究。
电子邮箱：liqian26@ustc.edu.cn
主要科研项目：2025年国家级高层次青年人才项目（海外）
工作经历：
2026/07-至今，中国科学技术大学苏州高等研究院，特任教授
2021/02-2026/05，剑桥大学病理学系，博士后（导师：Ashley Moffett & Naomi McGovern）
2018/09-2020/09，耶鲁大学神经科学系，博士后（导师：Nenad Sestan）
学习经历：
2012/09-2018/06，中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所，博士（导师：Philipp Khaitovich）
2008/09-2012/06，山东大学，学士
获奖及荣誉情况:
1. Pathfinding Postdoc Bridging Fund, University of Cambridge, 2023
2.中国科学院朱李月华优秀博士生奖学金，2017
3. 博士研究生国家奖学金，2016
4.中国科学院地奥奖学金二等奖，2016
主要学术论文（*第一作者 #通讯作者）
通讯作者 (#)
1. Q. Li#, A. Moffett, N. McGovern# (2026). “A unified developmental framework of the human placenta in its uterine environment in vivo and in vitro.” bioRxiv.
2. Q. Li*#, A. Sharkey*, M. Sheridan*, E. Magistrati*, A. Arutyunyan, O. Huhn, C. Sancho-Serra, H. Anderson, N. McGovern, L. Esposito, R. Fernando, L. Gardner, R. Vento-Tormo#, M. Turco#, A. Moffett# (2024). “Human uterine natural killer cells regulate differentiation of extravillous trophoblast early in pregnancy.” Cell Stem Cell 31, 181–195.
3. Q. Li# (2023). “scTour: a deep learning architecture for robust inference and accurate prediction of cellular dynamics.” Genome Biology 24:149.
第一作者或共同第一作者 (*)
4. Q. Li, M. Turco, A. Moffett# (2024). “Trophoblast organoid systems to study human placentation.” Developmental Cell 59, 693–694.
5. C. Xu*, Q. Li*, O. Efimova, X. Jiang, M. Petrova, A. K. Vinarskaya, P. Kolosov, N. Aseyev, K. Koshkareva, V. N. Ierusalimsky, P. M. Balaban#, P. Khaitovich# (2019). "Identification of immediate early genes in the nervous system of snail Helix lucorum." eNeuro 6(3).
6. C. Xu*, Q. Li*, O. Efimova, L. He, S. Tatsumoto, V. Stepanova, T. Oishi, T. Udono, K. Yamaguchi, S. Shigenobu, A. Kakita, H. Nawa, P. Khaitovich#, Y. Go# (2018). "Human-specific features of spatial gene expression and regulation in eight brain regions." Genome Res. 28(8): 1097-1110.
7. Q. Li*, K. Bozek*, C. Xu*, Y. Guo, J. Sun, S. Pääbo, C. C. Sherwood, P. R. Hof, J. J. Ely, Y. Li, L. Willmitzer, P. Giavalisco#, P. Khaitovich# (2017). "Changes in lipidome composition during brain development in humans, chimpanzees, and macaque monkeys." Mol. Biol. Evol. 34(5): 1155-1166.
8. Q. Li*, S. Guo*, X. Jiang, J. Bryk, R. Naumann, W. Enard, M. Tomita, M. Sugimoto, P. Khaitovich#, S. Pääbo# (2016). "Mice carrying a human GLUD2 gene recapitulate aspects of human transcriptome and metabolome development." Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113(19): 5358-5363.
共同作者
9. N. Yoshida*#, A. Appios*, Q. Li, J. P. Hutton, G. Wood, M. Potts, J. Aleksandrowicz, E. R. Barrozo, F. Dover, H. Anderson, K. Stephens, I. L. M. H. Aye, J. R. Thomas, H. C. M. Schenk, A. M. Bourke, C. E. Aiken, A. Moffett, A. Sharkey, A. V. Protasio, K. M. Aagaard, J. R. Edgar, B. Y. W. Chung#, N. McGovern# (2025). “Interactions between placental Hofbauer cells and L. monocytogenes change throughout gestation.” Sci Immunol 10(109): eadq3066.
10. A. Arutyunyan*, K. Roberts*, K. Troule*, F. C. K. Wong*, M. A. Sheridan*, I. Kats, L. Garcia-Alonso, B. Velten, R. Hoo, E. R. Ruiz-Morales, C. Sancho-Serra, J. Shilts, L. F. Handfield, L. Marconato, E. Tuck, L. Gardner, C. I. Mazzeo, Q. Li, I. Kelava, G. J. Wright, E. Prigmore, S. A. Teichmann, O. A. Bayraktar#, A. Moffett#, O. Stegle#, M. Y. Turco#, R. Vento-Tormo# (2023). “Spatial multiomics map of trophoblast development in early pregnancy.” Nature 616, 143-151.
11. S. Ma*, M. Skarica*, Q. Li, C. Xu, R. D. Risgaard, A. T. N. Tebbenkamp, X. Mato-Blanco, R. Kovner, Z. Krsnik, X. de Martin, V. Luria, X. Marti-Perez, D. Liang, A. Karger, D. K. Schmidt, Z. Gomez-Sanchez, C. Qi, K. T. Gobeske, S. Pochareddy, A. Debnath, C. J. Hottman, J. Spurrier, L. Teo, A. G. Boghdadi, J. Homman-Ludiye, J. J. Ely, E. W. Daadi, D. Mi, M. Daadi, O. Marin, P. R. Hof, M. R. Rasin, J. Bourne, C. C. Sherwood, G. Santpere, M. J. Girgenti, S. M. Strittmatter#, A. M. M. Sousa#, N. Sestan# (2022). "Molecular and cellular evolution of the primate dorsolateral prefrontal cortex." Science: eabo7257.
12. D. Franjic*, M. Skarica*, S. Ma*, J. I. Arellano*, A. T. N. Tebbenkamp*, J. Choi, C. Xu, Q. Li, Y. M. Morozov, D. Andrijevic, Z. Vrselja, A. Spajic, G. Santpere, M. Li, S. Zhang, Y. Liu, J. Spurrier, L. Zhang, I. Gudelj, L. Rapan, H. Takahashi, A. Huttner, R. Fan, S. M. Strittmatter, A. M. M. Sousa, P. Rakic, N. Sestan# (2022). "Transcriptomic taxonomy and neurogenic trajectories of adult human, macaque, and pig hippocampal and entorhinal cells." Neuron 110(3): 452-469.
13. M. A. Sheridan#, X. Zhao, R. C. Fernando, L. Gardner, V. Perez-Garcia, Q. Li, S. G. E. Marsh, R. Hamilton, A. Moffett, M. Y. Turco# (2021). “Characterization of primary models of human trophoblast.” Development 148 (21): dev199749.
14. X. Zhang, J. G. McDonald, B. Aryal, A. Canfran-Duque, E. L. Goldberg, E. Araldi, W. Ding, Y. Fan, B. M. Thompson, A. K. Singh, Q. Li, G. Tellides, J. Ordovas-Montanes, R. G. Milian, V. D. Dixit, E. Ikonen#, Y. Suarez#, C. Fernandez-Hernando# (2021). "Desmosterol suppresses macrophage inflammasome activation and protects against vascular inflammation and atherosclerosis." Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 118(47).
15. Y. Wang*, G. Dai*, Z. Gu*, G. Liu*, K. Tang, Y. H. Pan, Y. Chen, X. Lin, N. Wu, H. Chen, S. Feng, S. Qiu, H. Sun, Q. Li, C. Xu, Y. Mao, Y. E. Zhang, P. Khaitovich, Y. L. Wang, Q. Liu, J. J. Han, Z. Shao, G. Wei, C. Xu, N. Jing, H. Li# (2020). "Accelerated evolution of an Lhx2 enhancer shapes mammalian social hierarchies." Cell Res. 30, 408-420.
16. I. Kurochkin*, E. Khrameeva*, A. Tkachev, V. Stepanova, A. Vanyushkina, E. Stekolshchikova, Q. Li, D. Zubkov, P. Shichkova, T. Halene, L. Willmitzer, P. Giavalisco, S. Akbarian#, P. Khaitovich# (2019). "Metabolome signature of autism in the human prefrontal cortex." Commun Biol 2, 234.
